Program Peminatan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA) di SMAN 2 Kubu Babussalam dirancang untuk mempersiapkan peserta didik menguasai fondasi sains murni dan terapan. Melalui metode saintifik dan bimbingan terarah, siswa dilatih berpikir kritis, sistematis, dan logis untuk siap bersaing menembus program studi sains, teknik, pertanian, dan kedokteran di perguruan tinggi negeri terkemuka.